Geelielektroforeesi voidaan suorittaa joko vaaka- tai pystysuunnassa. Vaakasuuntaiset geelit koostuvat tyypillisesti agaroosimatriisista. Näiden geelien huokoskoot riippuvat kemiallisten komponenttien pitoisuudesta: agaroosigeelihuokoset (halkaisija 100 - 500 nm) ovat suurempia ja epäyhtenäisempiä kuin akryyliamidigeelihuokoset (halkaisijaltaan 10 - 200 nm). Vertailun vuoksi DNA- ja RNA-molekyylit ovat suurempia kuin lineaarinen proteiinijuoste, jotka usein denaturoituvat ennen tätä prosessia tai sen aikana, mikä tekee niistä helpompia analysoida. Siten DNA- ja RNA-molekyylejä ajetaan useammin agaroosigeeleillä (vaakasuuntaisesti). DYCP-31DN-järjestelmämme on horisontaalinen elektroforeesijärjestelmä. Tämä muotoiltu geelivalulaite voi valmistaa 4 erikokoista geeliä eri geelialustalla.
