Geelielektroforeesi voidaan suorittaa joko vaaka- tai pystysuunnassa.Vaakasuuntaiset geelit koostuvat tyypillisesti agaroosimatriisista.Näiden geelien huokoskoot riippuvat kemiallisten komponenttien pitoisuudesta: agaroosigeelin huokoset (halkaisija 100 - 500 nm) ovat suurempia ja epäyhtenäisempiä kuin akryyliamidigeelihuokoset (halkaisijaltaan 10 - 200 nm).Vertailun vuoksi DNA- ja RNA-molekyylit ovat suurempia kuin lineaarinen proteiinijuoste, jotka usein denaturoituvat ennen tätä prosessia tai sen aikana, mikä tekee niistä helpompia analysoida.Siten DNA- ja RNA-molekyylejä ajetaan useammin agaroosigeeleillä (vaakasuuntaisesti). DYCP-31DN-järjestelmämme on horisontaalinen elektroforeesijärjestelmä.Tämä muotoiltu geelivalulaite voi valmistaa 4 erikokoista geeliä eri geelialustalla.
