Elektroforeesijärjestelmä koostuu kahdesta pääkomponentista: virtalähteestä ja elektroforeesikammiosta. Virtalähde syöttää virtaa. "Voima" on tässä tapauksessa sähkö. Virtalähteestä tuleva sähkö virtaa yhteen suuntaan elektroforeesikammion päästä toiseen. Kammion katodi ja anodi houkuttelevat puoleensa vastakkaisesti varautuneita hiukkasia.
Elektroforeesikammion sisällä on alusta - tarkemmin sanottuna valualusta. Valukaukalo koostuu seuraavista osista: lasilevy, joka menee valukaukalon pohjaan. Geeliä pidetään valukaukalossa. "Kampa" näyttää nimeltään. Kampa asetetaan valukaukalon sivussa oleviin koloihin. Se asetetaan aukkoihin ENNEN kuuman, sulaneen geelin kaatamista. Kun geeli on jähmettynyt, kampa poistetaan. Kampan "hampaat" jättävät geeliin pieniä reikiä, joita kutsumme "kaivoiksi". Kuopat syntyy, kun kuuma, sulanut geeli jähmettyy kamman hampaiden ympärille. Kampa vedetään ulos geelin jäähtymisen jälkeen, jolloin jää kuoppia. Kaivot tarjoavat paikan laittaa hiukkaset, joita haluat testata. Henkilön on oltava erittäin varovainen, jotta se ei häiritse geeliä hiukkasia ladattaessa. Geelin halkeilu tai rikkoutuminen vaikuttaa todennäköisesti tuloksiin.